В рамках Круглого стола функционируют отраслевые рабочие группы по Строительству, Энергетике, Финансовой индустрии, Лесной промышленности, Транспорту, Инновациям, а также ИКТ, космосу и высоким технологиям. В задачи рабочих групп входит обеспечение не только эффективного диалога между деловыми сообществами России и ЕС, но и развитие соответствующих диалогов на  официальном уровне.

Рабочие группы:

• играют решающую роль в определении (как правило, на отраслевом уровне) наиболее значимых технических, административных и таможенных препятствий для взаимной торговли и инвестирования, а также в разработке совместных рекомендаций для их устранения;
• представляют свои отраслевые рекомендации Совету КСП и Ежегодной конференции КСП, обеспечивая их соответствие целям КСП. Рекомендации Рабочих групп учитываются Советом КСП, включаются в Совместные выводы Ежегодной конференции КСП и представляют собой практические шаги по достижению общих целей КСП;
• активно содействуют установлению прямых контактов и непрерывного диалога между компаниями России и ЕС по вопросам делового сотрудничества в рамках конкретных отраслей и секторов экономики;
• взаимодействует с национальными и международными отраслевыми ассоциациями и союзами;
• принимают участие в работе отраслевых российско-европейских диалогов, ведущихся на официальном уровне.